Come per molti altri siti in Valle Camonica, che si elevavano al di sopra dalle paludi del fondovalle e dalle pericolose sponde dell'Oglio, anche la zona ove ora sorge il paese di Berzo Inferiore fu certamente frequentato e forse anche abitato fin dall'epoca preistorica. Per risalire la Val Grigna e raggiungere gli antichissimi e noti passi montani che collegavano le varie valli contigue (Passo di Corcedomini, Maniva ecc), gli antichi Camuni (del ceppo dei Liguri e poi soppiantati dai Celti) avranno per forza dovuto transitare lungo questo vasto e aperto conoide formato dal torrente Grigna, l'impetuoso corso d'acqua che va a sfociare nell'Oglio nella pianura alluvionale poco a sud della piana della "Prada" di Cividate. Questa zona pianeggiante doveva essere, in epoca preistorica o la propaggine più a nord del lago d'Iseo o ai confini di una vasta palude che forse raggiungeva anche le pendici dei colli che sono posti a nord dell'attuale abitato di Berzo. I Romani, subito dopo la conquista della Valle Camonica, fecero passare per Brezo anche un ramo della via Valriana e un'epigrafe di quell'epoca, ritrovata in zona, attestava come a Berzo venissero adorate o meglio onorate le "Fonti Divine". Le terre prospicienti l'Oglio (ora facenti parte del comune di Berzo) e confinanti con il comune di Esine, sotto i Longobardi furono proprietà del "Gasindo" (vassallo di rango inferiore) del re Desiderio che nel 774 lasciò per testamento: "la volontà sua di vendere la corte di Bergis". Questo è il primo atto in cui viene nominata questa zona della Valle Camonica. Un altro storico documento, di quasi due secoli successivo, nel 960, attesta la cessione di proprietà "in Berzo" dal vescovo di Cremona al conte di Lecco. Nel Medio Evo anche a Berzo doveva sorgere un castello, di cui però non si hanno più tracce. Di questa rocca (o abitazione fortificata e circondata da mura difensive) ne viene fatta menzione nell'elenco nelle numerose proprietà della potente famiglia dei conti Lambertini. La diaconia di Berzo (Inferiore, per distinguerlo da Berzo Demo) fu la prima, in ordine alfabetico, nominata tra quelle della vasta e antichissima pieve di Cividate che aveva competenza amministrativa religiosa su tutta la media Valle Camonica. Intorno all'anno Mille, forse sulle rovine di un tempietto precedente venne costruita una piccola chiesa che prese il nome di San Lorenzo. Questa antica chiesetta fu poi, quasi totalmente, ricostruita nel 1415 e per secoli fu l'antica parrocchiale. Questo bel tempio sorge in posizione panoramica su un'altura sopra il paese e dominate la bassa vallata del Grigna e la confluenza nell'Oglio. Nel suo famoso "Catastico", redatto nel 1610, il podestà Giovanni da Lezze, incaricato direttamente dal Maggior Consiglio della Serenissima Repubblica Veneta, ricorda, per le terre di Berzo, la buona produzione di biade e vini locali e soprattutto la rifinitura, in ben dieci fucine, dei prelavorati per armature, provenienti dalla vicina Bienno. Durante il ventennio fascista, dal 1927, nel periodo in cui vennero inglobati più paesi di piccole dimensioni, in uniche amministrazioni, Berzo Inferiore fu aggregato a Bienno. Riacquistò la sua indipendenza amministrativa nel 1947.